Jak převést soubor TXT do formátu FASTA

Klínické studie analyzují sekvence proteinů a hledají léčebné možnosti. Pro zpracování těchto sekvencí se používá formát FASTA, který je široce podporován bioinformatickými nástroji. Každý řádek sekvence může mít maximálně 80 znaků a kódování vychází ze standardu IUB/IUPAC.

Pro převod jednoduchého textového souboru (.txt) do FASTA stačí upravit soubor v libovolném textovém editoru, například v Poznámkovém bloku.

Postup převodu

1. Otevřete soubor s proteinovou sekvencí v textovém editoru.

2. Přidejte popisnou řádku ve formátu FASTA. Musí začínat znakem „>“. Například:
>gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN‑RELATED)

Tato řádka poskytuje jedinečný popis a umožňuje programu rozpoznat, že následující řádky jsou sekvence, nikoli popis.

3. Vložte řádek (stiskněte Enter) a zapište samotnou sekvenci. Používejte pouze písmena povolená standardem IUB/IUPAC. Příklad platné sekvence:
QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE

4. Dbejte na délku řádků – po každých 80 znacích vložte zalomení řádku. To zaručuje správné načtení sekvence programy.

5. Uložte soubor. Klikněte na „Soubor“ → „Uložit“ a soubor bude mít nyní příponu .txt, ale jeho obsah je ve formátu FASTA.

Po dokončení můžete soubor použít v jakémkoli bioinformatickém nástroji podporujícím FASTA.