Software pro mikrobiologii

Kromě mikroskopů a Petriho talířů jsou pro mikrobiology důležité i počítače. Softwarové nástroje pro mikrobiologický výzkum zahrnují jak obecné aplikace používané v dalších vědeckých a inženýrských oborech, tak specializované programy pro studium bakterií a dalších mikroorganismů. Mnoho aplikací vyvinutých vládními agenturami, neziskovými nadacemi nebo akademickými výzkumníky je dostupných zdarma ke stažení a použití podle potřeb vašeho experimentu či laboratoře.

Vizualizační nástroje

Fyzický nebo mentální obraz získaných dat vám pomůže lépe pochopit jejich kvalitu, význam a důsledky. Pro mikrobiologický výzkum jsou k dispozici otevřené i komerční programy pro vizualizaci dat. Grafy a diagramy můžete vytvářet v LibreOffice Calc, Microsoft Excel nebo v systému Mondrian. Aplikace Cell‑O a RasMol umožňují tvorbu 2D i 3D animovaných modelů biologicky významných molekul, jako jsou proteiny a aminokyseliny.

Matematické modelování

Velké soubory mikrobiologických dat často poskytují smysluplnější informace po numerické analýze. Balíčky MATLAB, Octave a SciPy provádějí matematické zpracování, analýzu a modelování dat. Pomocí nich můžete odhadovat parametry křivkovým přizpůsobením, predikovat epidemiologické trendy, simulovat růst bakterií či eliminovat šum a stochastické efekty. Tyto nástroje také nabízejí statistické výpočty, například analýzu rozptylu nebo testy chi‑kvadrát.

Genomová bioinformatika

Software pro mikrobiologii usnadňuje vizualizaci a těžbu informací z sekvence nukleových kyselin mikroorganismů. Open Bioinformatics Foundation poskytuje volně dostupné nástroje jako BioJava a Biopython, které získávají data z genomových databází, parsují DNA kód organismu a porovnávají jej s jinými sekvencemi. Další balíčky zahrnují EMBOSS, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package, PHYLIP a Sequence Manipulation Suite (SMS).

Referenční software

Rychlý vývoj mikrobiologického výzkumu a měnící se vládní předpisy vyžadují neustálý přístup k aktuálním informacím. Komerční balíček HUGO poskytuje přehled o nástrojích, chemikáliích, vybavení, kulturách, bezpečnostních požadavcích, nových organismech, taxonomických změnách a antibiotikách. Pro mikrobiology zabývající se potravinářstvím je užitečný webový nástroj ComBase Browser, který nabízí mikrobiologická data o potravinách z vládních zdrojů ve Velké Británii, Austrálii a USA.